1071'de Selçuklu Sultanı'na yenilen Bizanslılar zayıflama dönemine girdi. Ekonomik zorlukların bir sonucu olarak Latinlere ticari ayrıcalıklar verilmesi bu döneme rastlar. 1082 yılında Phokaia'da bir Venedik ticaret kolonisi kuruldu. Aynı yıllarda Türkmen beyi Çaka Bey Bizans'la iyi ilişkilerini bozarak Batı Anadolu'yu işgal etmeye başladı. 1086 yılında Smyrna'yı (İzmir), daha sonra Sakız, Samos ve Midilli adalarını, Klazomenia ve Phokaia şehirlerini aldı.
Diğer taraftan Selçuklular, Kütahya ve Denizli'yi de alarak Ege kıyılarına kadar geldiler. 1098-1291 Haçlı Seferleri sırasındaki siyasal ve ekonomik karışıklık döneminde Latinler Bizans toprakları üzerindeki yerlerini sağlamlaştırdılar.
1275 yılında İmparator Michael VIII Paleologos Cenevizli Zaccaria kardeşlere Foça'nın yönetimini verdi. Cenevizli aile tekstil, boya ve kimya endüstrisinin temel hammaddesi olan şap madenlerini işleyip, ticaretini yaparak zenginleşti. 1314-1329 yılları arasında Khios (Sakız) adasının sakız ticaretini de ellerinde tutarak Foça'yı önemli bir ticaret merkezi haline getirdiler. Foça, 13. yy'da bu zengin şap madenleri sayesinde Cenova – İstanbul - Kefe deniz ticaret yolunu Batı Anadolu'da kendine çekebilen tek kenttir.
Zaccaria kardeşler, yarımadanın kuzeyine şap üretimini korumak amacıyla bir kale yaptırmışlardır. Aynı zamanda diğer bir üs olarak kullanılan Yenifoça (Foglia Nuova), büyük bir olasılıkla Andreola Cattaneo yönetimi zamanında kurulmuştur. Bu dönemde üç şap ocağının varlığı biliniyor. 1307 yılında Katalonyalı Muntaner, şap hazırlamakla uğraşan 3000 Bizanslının yaşadığı bir şehirle, bir kalenin varlığından söz etmektedir.
14. yy başında İznik, İzmit, Bursa, Sardes, İzmir, Magnesia, Foça gibi birkaç kale dışında tüm Anadolu Türklerin eline geçmiş bulunuyordu. 1245'ten 14. yy sonlarına kadar süren Beylikler Dönemi’nde Foça Cenevizlilerin elinde kaldı. Cenevizli Andrea ve Jakop Kataneo, Saruhan Bey'le senede 500 Duka altını vermek koşulu ile anlaşma yaptılar.
I. Beyazıt döneminde (1389-1402), Batı Anadolu'daki beylikler Osmanlı topraklarına katıldı. 1402'deki Ankara savaşında Osmanlıları yenen Timur birlikleri, kısa sürede Ege kıyılarına ulaşarak İzmir'i aldılar, Foça ve Sakız adasını haraca bağladılar.
15. yy'da Foça, İmroz, Semadirek, Limni, Sakız, Taşoz, Midilli Cenevizlilerin, Rodos, İstanköy ve Bodrum çevresi Rodos şövalyelerinin elinde bulunuyordu. 1455-1462 yıllarında Ege adalarının çoğu Osmanlı devletine katıldı. 1455 yılında Kaptan-ı Derya Yunus komutasındaki Osmanlı Donanması önce Yenifoça'yı, ertesi yıl da Foça'yı Osmanlı topraklarına kattı. Fatih Sultan Mehmet Foça'da adıyla anılan bir cami yaptırdı ve Manisa vilayetine bağladı.
Yine de 16. yy ortalarına kadar Ceneviz ticareti bölgede canlılığını korudu. Ancak şap satışları daha çok iç pazara yöneldi. Bunun diğer bir nedeni de 1461'de Roma yakınlarında Tolfa'da, papalık topraklarında şap madeni bulunmuş olmasıdır.
Foça'da Türk hakimiyetinin etkileri 16. yy başlarından itibaren net olarak görülmeye başlandı. Günümüze de kısmen ulaşan mimari yapılar bunun en açık örneğidir. Çakmak'ın araştırmaları doğrultusunda bu yüzyıla tarihlenebilecek üç cami halen Foça'da izlenebilmektedir.
17. yy'da Foça yakın doğu ticaretine limanını açmış bir Osmanlı kazası oldu. Eski Foça ve Yenifoça belgelerde Foça-i Atik ve Foça-i Cedid olarak geçmekteydi. İran ipeği Osmanlı toprakları üzerinden Foça'ya getiriliyor, buradan gemilere yüklenerek Avrupa ülkelerine ihraç ediliyordu. 17.yy ortalarında ipek ihracatı için Hint okyanusu yolunun kullanılmaya başlamasıyla Foça limanı ticari hareketliliğini kaybetti.
Foça'daki yerleşim, 17. yy sonlarına dek yalnızca şimdi "Kaleiçi" denen yarımadadan ibaretti. Cami-i kebir, Bâd-i Asiyab ve Cebhâne olmak üzere 3 mahalleden oluşuyordu.
17. yy'ın ortalarında Foça, Anadolu kıyılarında başkent İstanbul ile en fazla ilişkisi olan üç limandan biridir. İstanbul'a gönderilen ürünleri kaya şapı, kuru meyveler ve değirmen taşlarıdır.
1840'larda, Tanzimat döneminde ve sonrasında bölgede artan hareketliliğin bir sonucu olarak özellikle Ege adalarından Anadolu topraklarına artan bir iç göç yaşanmıştır. Bu tüm bölgede olduğu gibi Foça'da da demografik dengenin Rumlar lehine değişmesine yol açmıştır.
Foça 1867 yılında Aydın vilayetinin İzmir sancağına bağlı bir kazaydı. 1891 yılında "şehir merkezinde 6137 kişi, kaza sınırları içinde de 12 019 kişi yaşıyordu, Foça ve tüm kazanın nüfusu içinde Rumlar %71, Türkler %24, diğer etnik gruplar %5 oranında idi. Bu yıllarda Foça'da Müslümanlara ait 2 okulda 60 erkek öğrenci ve Rumlara ait 9 okulda 570 karışık öğrenci bulunuyordu. Şehirde 1241 hane, 3 cami, 3 kilise ve 1 sinagog vardı. Yenifoça'nın nüfusu Foça'ya yakındı ve burada %81'i Rum geri kalanı Türk olmak üzere 4403 kişi yaşıyordu. Yenifoça'da 1202 ev, 3 cami, 2 kilise ve 2 okul bulunuyordu.
l. Dünya Savaşına yaklaşıldığı dönemlerde Türk ve Rum halkları üzerinde baskılar artmış olmasına rağmen, ekonomik anlamda büyük değişimler yaşanmamıştır. Halkın gelirini özellikle tuzdan, balıkçılıktan ve bağcılıktan kazandığı görülür. Savaşın sonunda ortaya çıkan siyasi karışıklıktan Foça da nasibini almıştı. Engin Berber’in araştırmasına göre Mütareke döneminde Osmanlı Devletiyle, İtilaf Devletlerine mensup savaş tutsaklarının değişimi Eski Foça'da yapılmaya başlanmıştı.
İzmir Körfezi'nde bulunan İtilaf Devletleri’ne ait savaş gemilerinin kaptanları, 13 Mayıs 1919'da "Iron Duke" zırhlısında yaptıkları bir toplantıda; Fransızların 120 kişilik bir müfrezeyle Foça'daki bataryaları işgal etmesini kararlaştırmışlardı. Karar ertesi gün yaşama geçirilmişti ama, Fransızlar 21 Mayıs'ta şehri Yunan kıtasına teslim ettiklerinden Fransız işgali kısa ömürlü olmuştu. Jandarma ve birkaç polisten ibaret Osmanlı kolluk gücünün bulunduğu Foçateyn kazası; Menemen'e girdikten sonra Bağarası üzerinden şehre yönelen birkaç Yunan askerinin marifetiyle, direnişle karşılaşılmadan işgal edilmişti.
1920 yılının Eylül ayında Türk kuvvetlerinin Foça'ya girişleriyle şehir Yunan işgali sona ermiştir.
Kaynak : Foça Yerel Tarih Araştırma Merkezi çalışmalarından alınmıştır.
